董卓西归以前，他已自为太师，官位居诸王之上。他到长安，公卿迎拜，卓不还礼。卓所乘车装饰极为华丽，同于天子御驾。卓如此骄奢僣拟，适足说明他没有安定天下的大志。关东诸将的互讧，也助长了他的嚣张气焰。卓以弟旻为左将军，封鄠侯，兄子璜为侍中、中军校尉，分别统率军队，卓之宗族亲戚，盘居要津，卓侍妾怀抱中子亦封侯，未及笄的孙女，则封邑君。卓府第在长安城东坚固营垒中，尚书以下官员处理政务都要到卓府请示。卓在郿县修建了与长安城等高的坞，号称“万岁坞”，多积粮谷于内，够三十年食，卓自言“事成，雄据天下；不成，守此足以毕老”。
董卓残忍嗜杀的习性，至此也充分暴露出来，大臣讲话稍不合意，即遭诛戮。被俘虏的关东士兵和被捕获的关西人民更遭到惨不忍睹的折磨与屠戮。因之众叛亲离，人心惶惶。当时朝中大臣受卓倚重的是王允，他是并州祁县人，“少好大节”，素有名誉。卓入京时，允为河南尹，卓以允为守尚书令，初平元年（190年），进允为司徒，仍领尚书事。献帝西迁后，卓留镇洛阳期间，朝政全由王允主持。允对卓佯为尊重，得其信任，献帝及大臣也靠王允佑护，得以粗安。
初平三年（192年），王允与司隶校尉黄琬、尚书仆射士孙瑞等密谋诛卓。卓亲信部将吕布，并州五原郡九原县人，初为并州刺史丁原手下亲信将领。灵帝死，何进召董卓、丁原进京，卓到京，欲专兵柄，诱布杀丁原而并其众。布善骑射，膂力过人，号称飞将，卓对布颇宠信，两人誓为父子。卓自知怨己者众，常令布卫护左右。卓性暴急寡虑，忿不思难，吕布因一细事惹卓恼怒，卓立即以手戟掷布，布眼明身捷，躲闪过去，向卓请罪，卓怒始息。自此，布稍衔恨。后布与卓侍婢私通，恐被发觉，心不自安。布与王允同为并州人，允早已着意笼络布。及布将卓掷戟事吐露给允，允知离间卓、布的时机已至，当即劝布除卓，为朝廷建立奇功。布以与卓有父子关系为虑，允曰：“君自姓吕，本非骨肉，今忧死不暇，何谓父子？掷戟之时，岂有父子情邪？”布遂许诺。
初平三年（192年）夏四月丁巳，献帝有疾初愈，群臣朝贺未央殿，董卓乘车入朝，途中步骑夹道，戒备森严。吕布使同郡骑都尉李肃率亲信勇士十余人，伪著卫士服，待卓于北掖门内。卓入门，李肃即挺戟刺卓，卓内披甲，未得刺入，伤臂，坠车，卓大呼：“吕布何在？”布曰：“有诏讨贼臣！”卓大骂：“庸狗，敢如是邪！”布以矛刺卓，令兵斩卓首。布从怀中取出诏书以今吏士曰：“诏讨卓耳，余皆不问”。于是吏士皆称万岁。百姓歌舞载道，长安士女市酒肉以相庆贺，填塞街市。王允使皇甫嵩往郿坞攻卓弟旻，杀卓母妻宗族。“坞中有金二三万斤，银八九万斤，锦绮、奇玩堆积如山”。
但是，当此政局发生重大变化的关键时刻，身系朝廷安危的王允，却缺乏应变能力。他原先惧怕董卓，故屈身降志，委曲承奉，杀卓之后，以为再无患难，就居功骄傲，同朝臣接触，常乏和悦颜色，因之群僚对之不甚亲附。王允对吕布也瞧不起，只以剑客待之。吕布自恃功大，嫌允轻己，于是两人不和。王允的杀蔡邕，即措施失当的事例之一。蔡邕闻卓被杀，只在王允坐前“有叹惜之音”，王允即视之为卓党，而收付廷尉狱，蔡邕承认罪过，“愿黥首刖足，继成汉史”。士大夫及太尉马日多矜救之，允均不从。终使邕死于狱中。邕虽受卓亲用，却也谈不上卓党，卓所重用的还是王允自己。蔡邕的被杀，颇使卓部属将吏恐惧。王允之更大错误是低估了卓所属涼州将士的实力，没有及时颁下赦诏和做出适当安置。当时“悉诛涼州人”的传言已经广泛流传。诸将校以为“蔡伯喈但以董公亲厚尚从坐，今既不赦我曹，而使解兵，今日解兵，明日当复为鱼肉矣”。于是他们拥兵自守。原先卓女婿牛辅领重兵屯驻陕县（今河南三门峡市），曾遣校尉李傕、郭汜、张济等率步骑数万往中牟击朱。当吕布遣李肃持诏书来诛牛辅时，李傕等尚未归还，牛辅只以见兵就打败了李肃，说明涼州诸将兵力甚强。牛辅虽然打了胜仗，但仍极胆怯，因营中偶然发生惊扰，便恐惧出奔，致在途中为部下所杀。这又说明辅等涼州将帅实无作为。假如王允措置得当，尚可免除或减轻祸殃。牛辅死后，李傕等始回陕县。他们甚怀恐惧，不知所措，乃派人到长安请求大赦。王允此时仍不应允。傕等益恐，想各自解散，回归乡里。这时讨虏校尉贾诩向傕等献计曰：“诸君若弃军单行，则一亭长能束君矣，不如相率而西，以攻长安，为董公报仇。事济，奉国家以正天下；若其不合，走未晚也”。贾诩，涼州武威人，在军中素以多谋著称，他的倡议，立即得到傕等同意。他们乃相与结盟，率军数千，晨夜西行，边走边收兵，临近长安时，已有兵十余万，并与卓故部曲将樊稠、李蒙等合围长安城。长安城墙高厚，本来不易攻下，可是吕布军中的叟兵（蜀地的少数民族军队）发生叛变，导引傕等入城，吕布战败，出奔关东。傕等纵兵大掠，吏民死者数万人。
早些时候，王允以同郡宋翼为左冯翊（官名，辖今陕西省中部西安市以东之地，故亦作地名用），王宏为右扶风（辖今陕西省中部西安市以西之地）。李傕等欲杀王允，恐二郡反抗，乃以朝命调二人回朝。王宏遣使谓宋翼曰：“郭汜、李傕以我二人在外，故未危王公。今日就征，明日俱族。计将安出？”翼曰：“虽祸福难量，然王命，所不得避也”。翼既不从，宏不能独留，遂俱就征。果然，二人刚一回朝，傕等便把他们和王允一齐杀害了。
傕等既掌朝政，欲封贾诩为尚书仆射，诩曰：“尚书仆射，官之师长，天下所望，诩名不素重，非所以服人也”。于是以诩为尚书。贾诩这次给李傕等出了败坏朝廷的主意，其罪过诚然不小；但从当时李傕等涼州将领兵力之强盛及王允之无应变能力来看，即无贾诩的建议，亦难以扭转局势。后来贾诩在傕等与献帝、大臣之间，也还起了一些从中调解的作用。陈寿在《贾诩传》称“诩为尚书，典选举，多所匡济，傕等亲而惮之”。后来李傕与郭汜讧斗时，贾诩对被他们劫持的献帝和大臣也曾加以佑护，使傕等的为恶与破坏程度有所减轻。所以从贾诩在这一阶段的表现来看，还是坏好皆有的。
傕等既专朝政，首先给自己加官封爵，傕为车骑将军，领司隶校尉；郭汜为后将军；樊稠为右将军；张济为镇东将军，皆封侯。傕、汜、稠在长安坐镇，张济出屯弘农（今河南灵宝县）。
先前，董卓回到关中时，约韩遂、马腾共同对付山东，遂、腾率众自陇右到长安。遇上董卓被杀，李傕等以韩遂为镇西将军，遣还金城；马腾为征西将军，屯驻郿县。兴平元年（194年）二月，腾私有求于傕，未得如愿，怒而欲攻傕，韩遂闻之，率众来助腾。谏议大夫种邵、侍中马宇、左中郎将刘范谋使腾袭长安，以诛傕等。邵等谋泄，出奔槐里（今陕西兴平县）。傕使樊稠、郭汜及兄子利击腾、遂，战于长平观下，遂、腾败，走还涼州。种邵等皆被攻杀。
樊稠、李利追马腾、韩遂至陈仓（今陕西宝鸡市东），遂谓稠：“本所争者非私怨，王家事耳。与足下州里人（二人皆涼州人），欲相与善语而别”。于是二人接马交臂而语，良久始罢。李利回去告诉李傕说：“韩、樊交马语，不知所道，意爱甚密”。于是傕猜疑稠，又因稠“勇而得众”，更使傕忌。但在表面上，仍令郭汜及稠开府，与三公合为六府，皆典选举。傕等竞用自己的人，如违其意旨，便忿恚发怒，主管官吏只好按照排队次序录用，先从傕起，汜、稠次之。至于三公所举，则不得用。傕等争权不和，长安城中盗贼横行，白日虏掠，傕等分城而守，仍不能禁。有时傕等子弟还带头“侵暴百姓”。“是时谷一斛五十万，豆麦二十万，人相食啖，白骨委积，臭秽满路”。
李傕数设酒请郭汜，有时还留汜住宿，汜妻恐汜爱傕婢妾，思离间之。一次，傕送食给汜，汜妻掺黑豆豉于食内，称食内有毒，因对汜说：“一栖不两雄，我固疑将军信李公也”。于是汜治兵攻傕，战斗不休。二人争迎献帝至其营，傕抢先得帝，其兵入殿中掠宫人、御物。傕徙御府金帛置其营，放火烧宫殿、官府、民房。郭汜则劫留公卿大臣。大司农朱愤懑发病死，太尉杨彪几乎被汜手刃。傕召羌胡数千人，先以御物、缯綵与之，许以宫人、妇女，欲令攻汜。汜阴与傕党中郎将张苞等谋攻傕。汜将兵夜攻傕，矢射到献帝簾帷中，穿傕左耳。傕又徙帝幸其北坞，唯伏皇后、宋贵人跟随。傕自为大司马，与郭汜相攻数月，死者万数。
张济闻知，自陕来和解，济欲迁帝幸弘农，帝亦思旧京，因遣使诣傕求东归，往返十次，始获允准。李傕出屯曹阳（今河南灵宝县东北），以张济为骠骑将军，复还屯陕（今河南三门峡市）。迁郭汜车骑将军，杨定（故董卓部曲将）后将军，杨奉（原傕将，本白波帅，叛傕）为兴义将军，故牛辅部曲将董承安集将军。汜等并侍送帝。汜复欲胁帝幸郿，杨定、杨奉、董承不听。汜恐惧，乃弃军还就李傕。车驾进至华阴，宁辑将军段煨供具服御及公卿以下资储，请帝幸其营。杨定与段煨有隙，诬煨欲反，进攻煨营，十余日不下，煨供御膳，禀赡百官，终无二意。
李傕、郭汜悔令天子东归，闻杨定攻段煨，共来救之，因欲劫帝西去。杨定为汜所遮击，亡奔荆州。张济与杨奉、董承不和，又同傕、汜共追乘舆，战于弘农东涧，承、奉军败，百官士卒死者不可胜数，于是弃妇女、辎重、御物、符策、典籍，略无所遗。射声校尉沮被创坠马，骂傕被杀。献帝露次曹阳。承、奉乃谲傕等与连和，而密遣使至河东，招故白波帅李乐、韩暹、胡才及南匈奴右贤王去卑，皆率其众数千骑来，与承、奉共击傕等，大破之。乘舆乃得进。董承、李乐护卫车驾，胡才、杨奉、韩暹、去卑为后拒。傕等复来战，奉等大败，死者甚于东涧。奉等且战且走，始得至陕，乃结营自守。
时残破之余，虎贲、羽林不满百人，傕、汜兵绕营叫呼，吏士失色，皆有离心。董承、杨奉等乃潜议过河，使李乐于夜先渡，潜具船，举火为应。献帝步行出营，岸高十余丈，不得下，乃以绢为辇，使人居前负帝，余皆匍匐而下，或从上自投，死亡伤残，不复相知。人争攀船，董承、李乐以戈击之，不少手指坠入船中。随帝渡过河者，唯皇后、宋贵人、杨彪以下数十人，宫女皆为傕兵所掠，衣服尽失，发亦被截，冻死者不可胜数。献帝到大阳（今山西平陆东北十五里），幸李乐营。河内太守张杨使数千人负米来贡饷。献帝乘牛车到安邑，河东太守王邑奉献绵帛，悉赋公卿以下，封王邑为列侯，拜胡才征东将军，张杨安国将军。派人至弘农与李傕、郭汜、张济等和，傕等乃放归公卿百官及宫人妇女。
