孔明在用人问题上有许多成功的经验，人们对此探讨得较多，这里是要指出他作为领导人，在人事问题上出现的失误。
　　孔明一出祁山后，战果辉煌。为保证大军的安全，他选派深得信任的马谡守咽喉重地街亭。马谡自幼熟读兵法，南征时曾向孔明提出过“攻心为上”的方针，被任命为参军；伐魏前提议对司马懿使用反间计，遂使魏主曹睿罢免了司马懿的兵权，之后常在孔明帐前，深得信任。但马谡受命至街亭后，违反作战要领，结果失了街亭，使孔明全线被动，只好全军撤退。
　　先前，刘备刚得荆襄，伊籍向刘备、孔明推荐当地的马良、马谡等兄弟五人，同一时介绍了一首乡谚： “马氏五常，白眉最良。”(第五十二回)这个眉间有白毛的人就是马良，当地人将马良看成兄弟中最贤能的人，并没有认为他的弟弟马谡最贤。刘备临终前，孔明与马谡一同在旁，刘备令马谡暂退回避，单独对孔明说： 马谡“言过其实，不可大用”，鉴于孔明将马谡看作“当世之英才”，刘备提出让他再作深切考察。对于马谡，孔明的看法与刘备的看法不同，也与马谡本乡人的看法不同，而最后的事实说明孔明的看法是错误的、片面的。那么，我们可以推定： 孔明在对人的观察上，一定有某种错误的思想方法，由于这种思想方法的作祟，使他对一个在身边工作多年的人不免有一种歪曲的看法。
　　孔明在人事问题上最大的失误是对魏延的处理。魏延曾慕刘备之名，在长沙杀了他的上司韩玄，救了黄斩马谡忠来投刘备。孔明一见面就要杀掉他，理由是： “食其禄而杀其主，是不忠也；居其土而献其地，是不义也。吾观魏延脑后有反骨，久后必反。”(第五十三回)所谓“反骨”当然是荒唐的。孔明关于骨相的说法仅是一种托辞，真正的理由乃是魏延的所谓“不忠”、“不义”，当时由于刘备的保护，孔明未杀魏延，但却一直对他抱有成见，另眼相看。平时有什么硬仗、险仗和诱敌诈败，记不了功劳的仗多派魏延去打，而对魏延多次提出的军事建议却不屑一顾。孔明对魏延一贯不满，魏延不会没有觉察，但他始终听从孔明的指挥。平西川，争汉中，擒孟获，魏延屡建战功，伐中原时魏延是帐下第一员大将，曾斩王双，战张郃，诱司马，功绩无人可比，但孔明全不念其功劳。尤其错误的是，他死前在没有根据的情况下，就断定身后魏延必反，暗中安排马岱斩杀魏延，一手制造了蜀国最大的冤案。
　　孔明死后，魏延确实与接替孔明领兵的杨仪争夺过兵权。但这种矛盾的产生并不是孔明预料之正确，而是他在身后人事安排上的过错所造成的。当时魏延为前将军、征西大将军、南郑侯，在军中不仅官职最高，且能力、威望属上乘，而杨仪仅是一长史，大约相当于秘书长的官职，又看不出有什么超人的能力和威望，魏、杨二人平时关系不睦，孔明安排杨仪接掌兵权，让魏延断后，魏延自然不服。魏延那样性格的人绝不会对一个功小位卑的人俯首谦让，他公开对抗孔明的人事安排，反倒是合乎逻辑的。因而可以说，魏延的兵变，在某种意义上是孔明逼出来的!魏延负气争权，确是姿态不高，那么，被孔明越级提拔、一度统领全军的杨仪是否姿态很高呢?其实不然。孔明死后，蒋琬受命为丞相，杨仪被加封为中军师，但他以为自己资历高于蒋琬，而位在琬下，又自恃功高，口出怨言，对别人讲： “昔日丞相初亡，吾若将全师投魏，宁当寂寞如此耶!”(第一百五回)杨仪的功劳、职位和人才远不及魏延，思想姿态亦不比魏延高，孔明死前将兵权避开魏延交付杨仪，看来完全是不正常的，是出于对魏延的成见。如果说孔明初见魏延的过激言行尚且可以理解，那么，在以后的长期实践中孔明一贯凭成见看待魏延，就是极其错误的。曹操在官渡之战时收纳了袁绍降将张郃，当操听到有人对张郃的投降表示怀疑时曾说： “吾以恩遇之，虽有异心，亦可变矣。”曹操愿意对怀有异心的将军结恩感化，而孔明却缺乏曹操具有的那么一种胸怀、那么一种气度，显得心眼太小。
　　孔明斩杀魏延看来也不是出于个人的私怨，这源于他思想方法上的不足。魏延是一个开拓型的人才，孔明的思想则倾向于保守型。当然，并非思想保守型的人和开拓型的人必不能共事相处，问题在于孔明坚持用他的思维模式去衡量别人，且不转换角度，就必然对不同性格的人产生误解。例如，校尉廖立非常自负，自认为他的才能只逊于孔明，感怀才不遇而口出怨言，孔明闻其怨谤之言，并不去考察其人的长处和短处，不去考虑其人是否可用，而是立即将其撤职，废为庶人。(第一百四回)如果孔明仍用这样的思维模式去看待魏延，那他自然处处看到魏延的“毛病”，魏延因为自己的作战方案不被采纳而发出的某些怨言和牢骚，就有可能被看做是其心不正、身后必反的征兆，一想到魏延若反、无人可制的身后情况，谨慎了一生的孔明于是定计斩杀了魏延。魏延被斩，是继诸葛亮死后蜀国无法弥补的一个损失。
　　派定关羽镇守荆州，也可以说是孔明在用人上的一次失误。蜀国以联吴抗魏为长久的战略方针，荆州地处魏、吴之间，要牢固地保住此地，更需要切实地贯彻这一方针。当刘备收川受挫后，派关平持信赴荆州请孔明入川相助，并让孔明量才委用守荆州之人。关平是关羽的义子，孔明揣测说： 主公“教关平资书前来，其意欲云长公当此重任”。(第五十三回)于是派定关羽镇守荆州，自己与张飞、赵云等领兵入川。关羽为人傲气十足，藐视东吴诸将，对联吴方针一开始就不太理解，孔明临走时也已发现了这点，但最终还是将荆州印绶交给了关羽。后来，关羽联吴不力，在他北攻曹操时导致东吴与曹操相联络，偷袭荆州，关羽战败被杀，蜀国丢失了荆襄一带战略要地。
　　荆州失守，关羽负有直接责任。客观地讲，孔明负有如下的领导责任： 第一，关羽一是不懂联吴方针，二是傲气太盛，让他在当时单独驻守荆州有明显的不当之处。从当时的情况看，赵云守荆州是最合适的人选，但孔明却揣测上级领导人的意图加以迎合，作了错误的选派。刘备派关平送信，也许有让关平辅助关羽守荆州的意思，但他信中明言让孔明量才委派，毕竟给了他很大的选择权，最后的决定权在他手中。第二，关羽被杀后，孔明曾安慰刘备说： “关公平日刚而自矜，故今日有此祸。”(第七十八回)可见，他对关羽的缺点及失败的可能性是有所觉察的。他离开荆州时，虽曾告诫关羽守荆州的大计是“北拒曹操，东和孙权”，但离开荆州后，在明知关羽缺点的情况下，既不对荆州换防，另派适当人选，又不对关羽的防守派人监督协助，似乎以为靠八字留言就万事大吉了。第三，孔明入川时带走了荆州的许多精兵强将，使荆州防守单薄。夺取两川后，闻说曹兵攻取荆州，他让关羽主动出击，这时，他既不为之增兵添将，又不从汉中方面出兵配合，致使关羽独力难支，兵败身亡。可见，荆州失守，孔明是负有领导责任的。