《石头记索隐》及康熙王朝政治状态说蔡元培的《石头记索隐》出版于1917年，写作时间约同于王、沈的《红楼梦索隐》，但酝酿时间较长，早在1900年以前蔡氏即开始留意红学，并认为影射康熙朝轶事的说法“十得四五”参见龚鹏程为《石头记索隐》所写的“导读”，台北金枫出版社1987年版。，已倾向于索隐派红学。在清末民初具有代表性的索隐三派中，蔡著影响最大，观点和方法带有系统性。
　　蔡元培对《红楼梦》总的看法是：
　　《石头记》者，清康熙朝政治小说也。作者持民族主义甚挚。书中本事在吊明之亡，揭清之失，而尤于汉族名士仕清者寓痛惜之意。当时既虑触文网，又欲别开生面，特于本书以上加以数层障幕，使读者有横看成岭侧成峰之状况。
　　明确提出《红楼梦》是政治小说，认为《红楼梦》的作者具有深挚的民族主义思想，这在红学史上有不可低估的意义，因为这样一来便扩大了对《红楼梦》思想含意的理解。而认为书中本事在“吊明之亡，揭清之失”，复以层层障幕掩盖之，可看做蔡元培先生的红学观。他说：
　　最表面一层，谈家政而斥风怀，尊妇德而薄文艺。其写宝钗也，几为完人，而写黛玉、妙玉，则乖痴不近人情，是学究所喜也，故有王雪香评本。进一层，则纯乎言情之作，为文士所喜，故普通评本多着眼于此点。再进一层，则言情之中善用曲笔，如宝玉中觉，在秦氏房中布种种疑阵，宝钗金锁为笼络宝玉之作用，而终未道破，又于书中主要人物设种种影子以畅写之，如晴雯、小红均为黛玉影子，袭人为宝钗影子是也。此种曲笔，唯太平闲人评本能尽揭之。
　　《红楼梦》在思想上和艺术表现上有多种层次和多种角度，使读者有横看成岭侧成峰的感觉，是确实的，蔡元培看到并指出这一点，不愧有识之见。他指出《红楼梦》有反满思想，也完全符合作品的实际，蔡氏索隐的贡献，主要在于对书中反满思想的揭示。问题的症结在于如何阐证本事。
　　蔡先生说：“阐证本事，以《郎潜纪闻》所述徐柳泉之说为最合，所谓宝钗影高澹人、妙玉影姜西溟是也。近人《乘光舍笔记》谓书中女人皆指汉人，男人皆指满人，以宝玉曾云男人是土做的，女人是水做的也，尤与鄙见相合。”徐柳泉的说法流传甚广，除《郎潜纪闻》所记，陈康祺在《燕下乡脞录》中也有转述陈康祺：《郎潜纪闻初笔二笔三笔》(下)第404页，中华书局1984年版。，前面介绍明珠家事说时，已加以征引。蔡氏的观点显然是从中受到了启发，不过他未取明珠家世说，而是使寓意更加扩大，扩大为整个康熙朝的政治小说。《乘光舍笔记》作者阙名，其中关于《红楼梦》的一段写道：
　　《红楼梦》为政治小说，全书所记皆康、雍年间满汉之接构，此意近人多能明。按之本书，宝玉所云：“男人是土做的，女人是水做的”，便可见也。盖汉字之偏旁为水，故知书中之女人皆指汉人，而明季及国初人多称满人为达达，达(指繁写的逹——笔者)之起笔为土，故知书中男人皆指满人。由此分析，全书皆迎刃而解，如土委地矣。参见一粟编《红楼梦卷》第412页。