这则记载，1915年出版的《红楼梦名家题咏》曾加以引录，可见认为《红楼梦》是写满汉关系的书，在当时是一种时尚。蔡元培的《石头记索隐》的特点，是把这种观点加以系统化，上升为理论，认定“吊明之亡，揭清之失”是《红楼梦》的“本事”，同时也是全书的主题。他还对自己索隐的方法做了概括，即一、品性相类者，二、轶事有征者，三、姓名相关者。蔡元培：《石头记索隐》第六版自序：《红楼梦研究参考资料选辑》第三辑第34页，人民文学出版社1976年版。依此三法，推求出林黛玉影射朱竹垞、薛宝钗影射高江村、探春影射徐乾学、王熙凤影射余国柱、史湘云影射陈其年、妙玉影射姜西溟、宝琴影射冒辟疆、刘老老影射汤潜庵，宝玉则是康熙的皇太子胤礽。《石头记索隐》的大部分篇幅，都是引证史料，对比《红楼梦》中有关情节，推求这几个人物是如何影射的。以蔡氏的渊博和严谨，所引史料应承认是可靠的，具体推求，也不乏学术的严肃性，同为索隐，终究有一种特异的学术味道，吸引读者在一定程度上产生共鸣。
　　但蔡著之失，一是将“本事”与主题思想混为一谈，二是具体索隐求之过深，未能逃脱比附的歧途。如说林黛玉影射朱竹垞，因黛玉名绛珠，这是影射朱竹垞的姓；黛玉居潇湘馆，院中多竹，是影射朱竹垞的号。这用的就是“姓名相关”的索隐方法。朱竹垞走到哪里必带《十三经》、《二十一史》，在京华仍有插架书，不废著述；林黛玉奔父丧后也带了许多书籍来，刘老老因而把潇湘馆误认做“哥儿的书房”。这就是所谓“品性相类者”。朱竹垞与陈其年曾合刻《朱陈村词》，而黛玉和湘云在凹晶馆联过句，便成为“轶事有征者”。不过如此推求，读者在佩服索隐者的好学深思的同时，也会感到困惑，不敢相信结论一定可靠。又如说探春影射徐健庵，因健庵名乾学，乾卦作三，所以探春称三姑娘。徐乾学曾以第三名及第，称探花，和探春的名字也有相类处。徐乾学喜爱文士，荐举过许多人才，探春虽无此表现，但《红楼梦》第二十七回写探春嘱宝玉说：“这几个月我又攒下有十来串钱了。你还拿了去，明儿出门逛去的时候，或是好字画好轻巧玩意儿，替我带些来。”又说，“怎么像你上回买的那柳枝儿编的小篮子，真竹子挖根的香盒儿，胶泥垛的风炉儿，这就好了。”蔡元培认为，这些描写表现的就是徐乾学“延揽文士之故事”。不知这依据的是索隐的哪一种方法，哪一条原则?“轶事有征者”?徐乾学“延揽文士”诚然可以看做他的一桩“轶事”，但这与探春的喜爱“轻巧玩意儿”如何“征”在一起?不免令人费解。《石头记索隐》对宝钗影射高江村、湘云影射陈其年、妙玉影射姜西溟、宝琴影射冒辟疆、凤姐影射余国柱、刘老老影射汤潜庵等的推求，亦大率如此，参证之史事容或有别，具体推求的方法无大不同。
　　胡适在《红楼梦考证》中，曾尖锐批评蔡元培对王熙凤和余国柱“姓名相关”的索隐方法。蔡元培说：“王即柱字偏旁之省。国字俗写作国，故王熙凤之夫曰琏，言二王字相连也。”并注明“楷书王、玉同式”。胡适写道：“他费了那么大气力，到底只做了‘国’字和‘柱’字的一小部分；还有这两个字的其余部分和那最重要的‘余’字，都不曾做到‘谜面’里去。这样的谜，可不是笨谜吗?”参见《红楼梦研究参考资料选辑》第一辑，第6页。批评得是很有道理的。但“笨谜”一词，又言之过重了，因为蔡先生对《红楼梦》的反满思想毕竟有所发现。又比如《红楼梦》里屡称凤姐不识字，蔡元培也视为证据，认为余国柱不是文学家，“故以不识字形容之”。其实，余国柱是顺治九年的进士，无论如何不能用“不识字”来形容，如果说这也是在影射，只能说明《石头记索隐》未能避免自相矛盾，不能圆解其说。蔡元培还认为《红楼梦》中的贾府代表“伪朝”，贾政是伪朝的吏部、贾敷和贾敬是伪朝的教育、贾赦是伪朝的刑部、贾琏为户部、李纨为礼部，只缺兵部和工部没有着落，否则就六部俱全了。至于如此索隐的理由，则显得不够充分，如不了解蔡先生的初衷，很容易认为是望文生义。何况说贾赦代表伪朝的刑部，是因为贾赦的妻子姓邢，与刑同音，儿媳妇姓尤，表示“罪尤”；贾琏称琏二爷，户部在六部中居第二位，所以贾琏就是户部，李纨代表礼部，是因为“李、礼同音”。这与《石头记索隐》自定的索隐三原则也有所迁违。
　　蔡元培在《石头记索隐》第六版自序中说：“《石头记》凡百二十回，而余之索隐尚不过数十则；有下落者记之，未有者姑阙之，此正余之审慎也。”见《红楼梦研究参考资料》第三辑，第37页。就出发点来说，蔡元培的索隐不能说不审慎，因此他所说的自属真诚，有些猜想，亦不无会心处；但因具体方法在求一一套实，结论固多误，就整体而言，又不好以审慎目之。这并不是说可以无视《石头记索隐》在红学史上的价值，揭示出书中的反满思想不必说了，应当承认有一些具体见解也是很有价值的。如认为元妃省亲是影射康熙南巡，脂批也是这样看的，观点可以成立。即便是薛宝琴作的《蒲东寺怀古》诗：“小红骨贱一身轻，私掖偷携强撮成；虽被夫人时吊起，已经勾引彼同行。”蔡氏认为诗中“似以形容明室遗臣强颜事清之状”，’虽不一定指实，作为一说，也是可以的。问题在于不能把索隐扩大化，以为无一事无来历，无一处不影射。
　　《红楼梦》的政治内容，及有的情节中包含的政治寓意，蔡先生看到了，这是《石头记索隐》的可取之处；甚至提出《红楼梦》是政治小说，都不无一定道理。但一定说“书中红字，多影朱字，朱者明也”，以及宝玉有爱红之癖，就是满人喜欢汉人文化，宝玉好吃女孩子们口上的胭脂，就是“拾汉人唾余”，就有穿凿附会之嫌了。《石头记索隐》的失误，主要是征引指实得太具体，致使结论不易立足，湮没了许多好见解。如果不拘泥于表面比附的索隐的方法，对《红楼梦》给以实事求是的评价，蔡元培的红学见解会引起更多的人的注意。