但种劭并没有阻止住董卓的进军步伐，董卓进入了河南境内，何进已经失去了对董卓的控制。其间有一个董卓上书的问题值得深思，而史书记载则较为混乱：
1《三国志》卷六《董卓传》说：“进乃召卓使将兵诣京师，并密令上书。”
2《后汉纪》卷二五“中平六年秋七月条”：“董卓到渑池上书。”
3《后汉书》卷七二《董卓传》：“卓得召，即时就道，并上书。”
以上三种史书所记载的上书内容又与《三国志》卷六《董卓传》注引《典略》中的内容大有出入，《资治通鉴》和清人严可均所辑《全后汉文》则把它们混为一谈，实不知董卓在进京途中有两次上书，一次是在渑池（今河南省渑池县西），一次是在新安（今河南省渑池县东）。而“上书”则是解决董卓失控问题的关键。
首先，“密令”上书系渑池上书，即《三国志》卷六《董卓传》和《后汉书》卷七二《董卓传》所录内容，与何进无关。这是因为：渑池上书的内容，突出了以张让为代表的宦官扰乱政治是董卓进京的条件，张让等宦官与何进之间没有利害冲突，反而对何家有恩。处于犹疑之际的何进，不会指使董卓在上书中把张让定为十恶不赦的罪人，将张让树为自己的仇敌。另外，种劭持诏却兵，与董卓会晤的地点就是渑池，如果何进“密令”董卓上书的话，则与却兵相抵触了。而张让等却是党锢之祸的制造者，与士人势同水火，不能两立，“密令”想必与袁绍有关。为防何进变计，在种劭出京的同时，袁绍也派人密令董卓上书，将国家大义搬出来，化解却兵诏书，这可是一招妙棋。
其次，董卓在置种劭宣诏止兵于不顾后，在进军途中，再次上书，这是新安上书，即《典略》所记载的内容。董卓在新安上书中是这样写的：
臣认为天下之所以会出现大逆不道的人，原因就在于黄门常侍张让等人侮慢天常，篡夺王命，他们父子兄弟霸据州郡，凭借一纸文字就可以获得千金的利益，京师附近数百万的肥沃良田都被他们霸占去了。这一切使得怨气充塞，动乱不绝。我前一次奉诏讨伐於扶罗（按：董卓就任并州牧的使命之一就是讨伐於扶罗。於扶罗，南匈奴单于，活动在河内、河东一带）的时候，将士们又饥又乏，不愿意渡河作战，都要求先进京杀阉宦，为民除害，向朝廷讨要军饷。臣加以安抚，军队已经行进到新安。常言道：扬汤止沸，不如灭火去薪；溃痈虽痛，胜于养肉；及溺呼船，悔之无及。
董卓虽然仍旧把阉宦作为讨伐的对象，但他却只字未提士大夫或何进的意愿，而是把手下将士摆在最为显要的位置，是有了他们的请求，才会有董卓的进京。在这种因果条件下，使得董卓在对待这场以清除宦官为目标的政治运动中，既不依附于士大夫，也不听命于何进，而是重新创造了一个新群体——凶猛的武人，并使其负有了政治使命。董卓撰写的不同于“密令”的上书，无疑就是他政治独立的宣言书。有了它，董卓就可以摆脱一切束缚，为那崇高的“道义”而战。董卓就此解放了他自己。他不必再去理会什么却兵的诏书，催动着三千亲兵继续东进，急切地赶往洛阳。
此前董卓两次上书拒命，对却兵诏书置若罔闻，渑池上书，直至新安上书，皇权在董卓那里没有了威严，他可以随意加以否定或更改，之所以如此，余英时先生提出的“边境中国人蛮夷化”、“凉州和汉代中国的主要的知识和文化传统可能已没有联系”（［英］崔瑞德、鲁惟一编，杨品泉等译《剑桥中国秦汉史》第六章《汉朝的对外关系》，中国社会科学出版社，1992年，第467、468页），似可对这位“少好侠，尝游羌中，尽与诸豪帅相结”（《三国志》卷六《董卓传》）的边地武人行为加以诠释：“蛮夷化”的董卓、缺乏对中国文化传统认同的董卓、出身行伍的董卓，不会像那些从小就读书诵经的士人那样，服膺纲常名教，其与皇权的对抗，是可以理解的。
